در کيفرخواست تهيه شده عليه متهمان حوادث اخير نکات قابل توجه بسياري وجود دارد که يکي از آنها اشاره به بازوي فکري به اصطلاح «کودتاي مخملي» است. در اين کيفرخواست به نقل از ح.د (که از او به دلايل نامعلوم نامي برده نشده) ادعا شده است؛ «بازوي فکري در ايران از سال هاي خيلي دور يعني از اواسط جنگ آغاز شد. در همين راستا يک تفکر روشنفکري جديد از ميان نيروهاي مسلمان بيرون مي آيد که رهبري آن بر عهده عبدالکريم سروش و مجله کيهان فرهنگي است.» (در آن زمان مديريت مجموعه کيهان با سيدمحمد خاتمي بود )

بنا بر اين پيش فرض بايد پذيرفت انقلابيون ايران از فرداي پيروزي انقلاب به دنبال براندازي بوده اند و روياي انقلاب رنگي در سر داشته اند چرا که عقبه تشکيل کيهان فرهنگي دهه 60 به تشکيل «حوزه انديشه و هنر اسلامي» در سال 58 توسط تعدادي از جوانان انقلابي برمي گردد. هدف آنها از تشکيل حوزه توليد آثار هنري و فرهنگي مناسب و متناسب با ارزش هاي ديني و انقلابي بود. بعد از مدتي سازمان تبليغات اسلامي حوزه انديشه و هنر اسلامي را به زيرمجموعه خود ملحق کرد و نام آن به «حوزه هنري» تغيير يافت. با الحاق حوزه به سازمان تبليغات گروهي از جوانان انقلابي چون مصطفي رخ صفت، رضا تهراني و... از آن جدا شدند و به موسسه کيهان پيوستند و کيهان فرهنگي را منتشر کردند و افرادي چون عبدالکريم سروش، محمدتقي فاضل ميبدي، محمد مجتهد شبستري و... به نويسندگان ثابت کيهان فرهنگي تبديل شدند. مدتي بعد از رحلت امام خميني و تضعيف جايگاه چپ هاي اسلامي در حاکميت و به دنبال چاپ مقالات جنجال برانگيز «قبض و بسط تئوريک شريعت» عبدالکريم سروش، کيهان فرهنگي در خرداد 69 براي مدتي تعطيل شد و مديران آن «کيان» را جايگزين آن کردند. اما کيان ديگر به موسسه دولتي وابسته نبود و يک نشريه خصوصي بود. با وجود تغيير تريبون، سلايق و عقايد گردانندگان کيان تغييري نکرد و همچنان ويژگي هاي هويتي و مذهبي خود را حفظ کردند. در اتاق رضا تهراني اولين چيزي که نظر همه را جلب مي کرد عکس شهيدحسن منتظرقائم (از بنيانگذاران حوزه انديشه و هنر اسلامي و مسوولان کيهان بعد از انقلاب) بود. فضاي مذهبي کيان يکي ديگر از ويژگي هاي بارز آن بود، به گونه يي که اگر فردي مقارن اذان ظهر به دفتر کيان مي رفت همه را در حال وضو گرفتن و نماز خواندن مي ديد. به اين ترتيب کيان تبديل به پايگاه روشنفکري ديني شد و حلقه هاي چهارشنبه هاي آن بعدها زبانزد شد. زماني که در دوم خرداد 76 سيدمحمد خاتمي به پيروزي رسيد و عصر اصلاحات آغاز شد، بسياري از صاحب نظران حلقه کيان و روشنفکري ديني را ازجمله عوامل پيروزي و اصلاح طلبان معرفي مي کردند. به همين خاطر مخالفان اصلاحات در راستاي ناکامي آن هجوم همه جانبه به روشنفکري ديني و حلقه کيان را دستور کار خود قرار دادند و اين حملات تا به امروز که از آن به عنوان بازوي فکري کودتاي مخملي نام برده شده، ادامه دارد.

در قسمت هاي ديگري از کيفرخواست به کرات از عبدالکريم سروش به عنوان يکي از تئوريسين هاي کودتاي مخملي نام برده شده است. اين درحالي است که سروش به دليل مشکلات و ممانعت هاي به وجودآمده در خارج از کشور زندگي مي کند و طي اين سال ها ارتباط بسيار اندکي با مخاطبان داخلي خود داشته است. سروش سال ها است در ايران ممنوع التدريس است و بسيار اندک اجازه سخنراني و نوشتن در روزنامه ها و نشريات داخلي پيدا مي کند. مساله اصلي اين است که با اين محدوديت ها و کنترل ها چگونه مي تواند کودتاي مخملي را تئوريزه کرده باشد. نکته جالب تر اين است که در کيفرخواست تهيه شده علاوه بر سروش و شبستري و... به صورت تلويحي از يورگن هابرماس (نظريه پرداز آلماني) نيز به عنوان عامل فکري کودتاي مخملي نام برده شده و اگر نويسندگان کيفرخواست کمي تلاش بيشتري مي کردند، سرنخ هايي از نقش افلاطون و ارسطو نيز به دست مي آوردند و قضيه بسيار شفاف تر مي شد.